«21» ноября 1960 года состоялся последний полёт опытного самолёта Ту-98, к тому времени использовавшегося как летающая лаборатория Ту-98А при отработке оборудования для перспективного перехватчика Ту-128. После взлёта не убрались основные стойки шасси, а при посадке сложилась левая стойка. После повреждения единственный построенный самолёт был списан.