20 марта 1971 года состоялся первый полёт головного серийного учебно-тренировочного самолёта МиГ-25РУ (№0101), машину поднял в воздух лётчик-испытатель Горьковского авиационного завода им. С. Орджоникидзе Михаил Наумович Элькинбард.
МиГ-25РУ - двухместный учебно-тренировочный вариант разведчика МиГ-25Р. Первый вылет на опытном МиГ-25РУ выполнил 25 декабря 1969 года старший лётчик-испытатель ОКБ им. А.И. Микояна Александр Васильевич Федотов. Самолёты МиГ-25РУ строились серийно в Горьком в 1970-1982 годах, всего было выпущено более 50 экземпляров. Один из серийных самолётов МиГ-25РУ был переоборудован для отработки средств спасения многоразового космического корабля «Буран» - катапультируемых кресел К-36РБ. Кресла с манекенами выстреливались с соответствующего приспособления, расположенного в задней кабине.
По окончании испытаний в рамках программы «Буран» самолёт
использовался для испытаний других катапультных кресел.